Een jongen wordt in de brandende zon wakker op een grasvlakte, zonder ook maar iets te weten over wie hij is en wat er met hem gebeurd is. Naast hem ligt een rugzak met daarin een hoop geld en een mobieltje, maar wanneer hij de politie wil bellen, hoort hij een voicemailbericht. Dat bericht heeft hij zelf ingesproken: hij mag in geen geval de politie bellen. In zijn tas zit ook een foto van een mysterieus gebouw. Hij belt naar het nummer van het voicemailbericht en ontdekt dat het naar een openbare telefoon leidt.Ondanks zijn gewonde enkel loopt hij naar de weg. Een meisje neemt hem mee in haar auto en hij zegt dat hij Boy Seven heet omdat hij dat overal op zijn kledinglabels heeft zien staan. Het meisje, Lara, neemt hem mee naar de bed and breakfast van haar tante Bobbie en daar mag hij tijdelijk logeren. Hij komt erachter dat ze zich in het plaatsje Branding bevinden en dat hijzelf hoogstwaarschijnlijk uit Flatstaff komt.Er is nog een gast in de B&B en hij blijkt politieagent te zijn, waardoor Boy zich niet op zijn gemak voelt. Hij gaat samen met Lara naar Flatstaff en in de Pizza Hut worden ze herkend door een serveerster, maar Lara zegt dat ze daar niets van begrijpt en dat ze Boy helemaal niet kent. Eenmaal weer in de B&B vindt hij een sleutel in de rugzak en komt er via het telefoonboek achter dat het mysterieuze gebouw en de openbare telefoon in Flatstaff staan.Met een smoes zorgt Boy ervoor dat Lara hem nogmaals naar Flatstaff brengt. Hij gaat kijken bij het gebouw van de foto, maar het is zo zwaar beveiligd dat hij niet durft te proberen om binnen te komen. Daarna gaan ze de banken af, maar nergens is een kluisje waar de sleutel op past.Op Lara's computer komt Boy te weten dat haar ouders na een mislukt experiment met gedragsbeïnvloeding in een gevangenis voor Artsen zonder Grenzen zijn gaan werken. Hij komt erachter dat de openbare telefoon van een bowlingcentrum is en wanneer hij daar met Lara naartoe gaat, blijkt de sleutel op een van de kluisjes daar te passen. In het kluisje liggen bowlingschoenen, een USB-stick en een zelfde notitieboek als Boy heeft gekocht voor zijn geheugen. Hij denkt even te zien dat Lara de stick steelt, maar dat is niet zo.Boy komt erachter hoe alles is gegaan. Omdat hij zich verveelde, is hij op zeker moment websites gaan hacken, zonder echt schade aan te richten. Dat werd ontdekt toen hij zijn schoolcijfers ging veranderen en hij werd gearresteerd. Zijn moeder werd gedwongen hem te laten opnemen in een inrichting voor jeugdcriminelen: het mysterieuze gebouw. Daar werd hij omgedoopt tot Boy nummer 7, terwijl zijn echte naam Sam Waters is. Hij maakt al snel kennis met de andere vijf jongens (Boy One is met ontslag) en sluit vriendschap met Boy Six, die Louis heet en hem helpt zijn notebook te verbergen. Bovendien geeft hij hem een pen. Sam komt al snel in een dagelijkse sleur van lessen, recreatie en regels terecht, maar er gebeuren ook rare dingen. Two en Three slijmen voortdurend bij de in het wit geklede begeleiders en verschillende jongens krijgen toevallen waar ze zich vervolgens niets meer van herinneren. Sam en Louis stelen een begeleiderspasje waarmee ze s nachts de gang op gaan en ze komen in de ziekenboeg terecht. Sam ontdekt dat zijn vriendinnetje Lara de dochter is van de twee artsen van de instelling.Sam en Louis ontdekken in de computer dat alle jongens meerdere behandelingen ondergaan waarmee hun gedrag wordt veranderd en dat ze een zendertje dragen waarmee die invloed wordt geregeld. De twee jongens doen samen een vluchtpoging, maar die mislukt: Louis wordt gepakt en zijn geheugen wordt gewist terwijl Sam zich verbergt. Hij ondergaat zijn behandelingen en pas wanneer Sam hem laat zien dat hij door het alarmkoord van de beveiligers wordt beïnvloed, gelooft Louis hem weer.Louis gaat op een buitenproef en probeert daar opnieuw te vluchten, maar weer wordt zijn geheugen gewist. Dan besluit Sam om te zorgen dat hijzelf ontsnapt, mét zijn notebook waar alle informatie in staat die nodig is om de organisatie te ontmaskeren. Maar om naar buiten te mogen, moet hij eerst gechipt worden.Sam ontdekt dat het systeem van de volgchip bij mensen al langer in ontwikkeling is en dat de hele organisatie eigenlijk geen jeugdgevangenis maar een onderzoekslaboratorium is dat Cooperation X heet. Deze organisatie wil langzaam maar zeker de macht over de wereld overnemen en zet daarom de gehersenspoelde jongens in voor criminele activiteiten. De Sam in de Bed & Breakfast komt erachter dat Lara de USB-stick uit het kluisje heeft verwisseld met een stick waar niets op staat en daardoor constateert hij dat Lara samenwerkt met agent Jones – die ook betrokken is bij Cooperation X. Hij is bang dat ze zijn gedrag nog steeds kunnen beïnvloeden.Sam wordt gechipt en hij komt er samen met Louis achter dat zij en de andere jongens worden gebruikt voor criminele activiteiten zoals fraude, waar ze zich achteraf niets van herinneren. Ze vragen zich af waar Boy One is gebleven en Sam verstopt de USB-stick met alle informatie in het notebook.De Sam in de Bed & Breakfast vindt de USB-stick en precies op dat moment komt Jones naar zijn kamer. Sam slaat hem bewusteloos en dan komt ook Lara. Sam bindt hen allebei vast op zijn kamer en vertelt dat hij alles weet. Dan vertelt Jones dat hij een alarmsignaal naar het gebouw heeft gestuurd waardoor dat binnen negentig minuten zal ontploffen. Sam zorgt ervoor dat Lara en Jones niet weg kunnen, neemt de auto mee en gaat op weg naar het gebouw om de jongens te redden. Onderweg stopt hij bij een tankstation en snijdt zijn volgchip eruit, waarna hij meteen al zijn herinneringen terug heeft.Nadat hij de USB-stick in het notebook heeft verstopt, maakt Sam plannen om het ergens te verstoppen zodat hij het na zijn ontsnapping kan vinden. Na een opdracht komt hij in het bowlingcentrum en steelt de sleutel van een van de kluisjes. Via een omweg en een paar listen slaagt hij erin het notebook en de valse USB-stick in het kluisje te verbergen en het voicemailbericht in te spreken op het mobieltje. Voor de zekerheid wist hij daarna Louis' geheugen. De volgende keer dat hij met verlof mag, vlucht hij weg van de begeleiders, maar op straat wordt zijn geheugen al gewist. Hij wordt wakker in het gebouw en dan komen de begeleiders achter zijn vluchtplan en het bestaan van de stick. Ze dumpen hem op de grasvlakte met zijn rugzak, zodat hij dankzij zijn eigen aanwijzingen zijn geheugen terug kan krijgen en de organisatie dankzij de chip naar de stick kan leiden.Iemand is Sam gevolgd naar het tankstation, maar hij weet hem af te schudden door de uitgesneden chip in de laadruimte van een truck te gooien. Sam rijdt naar het gebouw, maar dan is de benzine plots op en staat hij stil. Het volgende moment gaat het gebouw de lucht in, maar de boys blijken veilig te zijn. Sam geeft Louis het notebook zodat hij weer zijn geheugen terug kan krijgen. Daarna wordt hij  naar het ziekenhuis gebracht en herenigd met zijn moeder en zusje. De hele organisatie wordt opgedoekt, alleen Lara, haar ouders en de beveiligers zijn ontsnapt.